ऐसी जानकारी मिली है कि कुछ गैर-सरकारी संगठन/उद्योग अपने वेबसाईट पर जैविक कृषि के राष्ट्रीय/क्षेत्रीय केंद्रों के नाम का दुरूपयोग कर रहे हैं। वे अधिकारियों की तस्वीर लगाकर, अपने व्यापार/उत्पाद के बारे में राष्ट्रीय/क्षेत्रीय जैविक कृषि केंद्रों से तकनीकी सहयोग पाने का दावा करके अथवा क्षेत्रीय जैविक कृषि केंद्रों द्वारा अपने वेबसाईट पर प्रमाणित होने अथवा भारत सरकार के कृषि और सहकारिता विभाग द्वारा जैविक कृषि पर आधारित राष्ट्रीय परियोजना के अधीन अपना कार्यक्रम शुरू करने जैसे विभिन्न रूपों में राष्ट्रीय/क्षेत्रीय जैविक कृषि केंद्रों के नाम का इस्तेमाल कर रहे हैं।

राष्ट्रीय जैविक कृषि केंद्र ने स्पष्ट किया है कि इसने किसी भी गैर-सरकारी संगठन/उद्योग को अपने नाम का इस्तेमाल करने के लिए अधिकृत नहीं किया है। बिना अनुमति के इस प्रकार राष्ट्रीय/क्षेत्रीय जैविक कृषि केंद्र के नाम का इस्तेमाल करना अवैध है तथा इसके विरूद्ध कानूनी कार्रवाई की जा सकती है।